První obyvatelé Roatánu
Prvními zaznamenanými obyvateli Roatánu byli indiáni z kmene Paya. Archeologické nálezy tohoto kmene jsou na ostrově objevovány takřka denně. Hrnčířské artefakty a sošky dostaly název „Yaba Ding Dings“. Podle četnosti těchto nálezů lze soudit, že populaci kmene Paya se dařilo velice dobře a počet obyvatel ostrova se pohyboval okolo 1000 indiánů.
Kryštof Kolumbus a jeho posádka objevili Bay islands včetně Roatánu na své čtvrté a poslední cestě do Nového světa v roce 1505 a byli tak prvními Evropany, kteří navštívili ostrov Roatán. Kolumbus si o místních indiánech poznamenal, že jsou to mírumilovní farmáři a rybáři a že společnost indiánů Paya je silně matriarchální.
Otroctví
V roce 1516 Diego Velasquez de Cuellar ze Španělska poslal k Roatánu dvě lodě, aby zotročily místní obyvatele. Na 300 místních indiánů bylo uvězněno a posláno lodí do Havany na Kubě. Indiánům se však podařilo převzít vládu nad lodí a doplout zpět k Roatánu ke svým rodinám. To však mělo za následek brutální odplatu ze strany Španělů. Ti poslali k ostrovu posily, které zmasakrovaly na 500 místních obyvatel. Zbytek byl zotročen a donucen pracovat na plantážích a farmách ve prospěch španělského království.
Roatánští piráti
Okolo roku 1580 používali Španělé Roatán k doplnění zásob pro svoje zlatem naložené galeony, mířící zpět do království. Jakmile si však roatánští piráti uvědomili, kolik zlata jim proplouvá před nosem, vybudovali okolo nejbohatšího místního města Port Roayle mnoho pirátských osad. V letech 1580-1636 Španělé zaznamenali na 547 případů přepadení a vyloupení svých lodí roatánskými piráty.
Díky společnému nepříteli – tedy Španělům - byli roatánští piráti velmi podporováni místními indiány. Kdykoliv místní rybáři uviděli španělskou galeonu, rozsvítili lucernu na znamení, že se blíží poklad. Kvůli tunám inckého zlata, které lodě převážely, byly velmi těžké a pomalu se pohybovaly, což z nich činilo velmi snadný terč pro piráty.
Okolo roku 1640 zorganizoval anglický pirát William Jackson výpravu 16 lodí s 1500 členy posádky a vydal se do Hondurasu. Obsadil a vyloupil španělskou pevnosti v Trujille, osvobodil vězněné indiány a pomohl jim vrátit se zpět na Roatán. Cestou dále přepadával inckým zlatem obtěžkané, španělské lodě.
Španělská odveta však na sebe nenechala dlouho čekat. Pár let po Jacksonově vpádu se k Roatánu dostalo na 30 španělských lodí. Španělé zničili všechny domy, koho mohli, toho zabili a následně ostrov zpustošili. Kdo se zachránil, byl nemilosrdně zotročen. Počínaje rokem 1650 byl z Roatánu mrtvý ostrov.
V 60. letech 17. století v oblasti operoval slavný pirát Henry Morgan. Svoji základnu si zbudoval právě na Roatánu. Loupeže a krádeže inckého zlata převáženého Španěly byly tak výnosné, že pirátské lodě musely přestat brát všechno, jinak by se samy potopily. Morgan dokonce musel poklady zakopávat, aby se mohl vrátit pro novou várku. V 70. letech 17. století již ve vodách Roatánu operovalo na 5000 pirátů.
Válka Anglie a Španělska
V roce 1742, během války Anglie se Španělskem, si Anglie uvědomila strategickou polohu a výhodu Roatánu. Proto zde zbudovala dvě pevnosti v Port Roayle. Pevnost Frederick byla chráněna 6 kanóny a pevnost George dokonce 16. Avšak čtyři roky po jejich dokončení a vyzbrojení byly pevnosti opuštěny na základě mírové dohody mezi oběma zeměmi.
Tento mír však neměl dlouhého trvání. Už v roce 1780 se boje rozhořely nanovo a obě pevnosti byly v plné pohotovosti. V roce 1782 Španělé zaútočili na pevnosti se svými největšími bitevními loděmi a za dva dny je dobyli. Španělé tyto pevnosti zničili, vyloupili a ostrov byl znovu zpustošen.
Garifuňané na Roatánu
V roce 1797 proběhlo rebelské povstání otroků na ostrově Sv. Vincent. Angličané odvezli 5000 rebelujících otroků na Roatán a nechali je tam bez jídla a vody pouze s oblečením. Mnohých z těchto otroků se však zmocnili Španělé a převezli je do pevninského Hondurasu. Ti, co zůstali, se nazývají Garifuňané. Přežili díky farmaření a rybolovu. Založili město Punta Gorda, ve kterém Garifuňané nadále udržují svoje zvyky a tradice, odděleně od potomků původních indiánů z kmene Paya.